75 odstotkov trase drugega tira Divača–Koper poteka pod zemljo, kar pomeni, da so geološke razmere vedno bile ena izmed največjih neznank projekta. Če temu dodamo kraški teren, znan po podzemnih jamah, kapnikih in breznih, je jasno, da se nepričakovani izzivi lahko razkrijejo šele med gradnjo. Ob premostitvah velikih kraških jam zdaj še večje izzive povzročajo pomiki pobočja na enem delu trase.