Čeprav bi morda pomislili, da barva vpliva na sestavo jajca, to ne drži. Barva kokoši določa barvo jajčne lupine.
Bele kokoši nesejo bela jajca, medtem ko kokoši z rjavim perjem, ki so bolj razširjene v Evropi, nesejo rjava jajca. Razlike med njimi ni. Tako rjava kot bela jajca so v notranjosti enaka. V ZDA so rjava jajca dražja, zato tam pogosto (napačno) menijo, da so kakovostnejša, bolj zdrava ali okusnejša. Obstajajo tudi jajca z zelenkastim ali modrikastim odtenkom, kar je spet povezano z vrsto kokoši.
Razlike pa lahko opazimo, če primerjamo jajca proste reje z jajci iz komercialne pridelave. Na manjših kmetijah pri prosti reji kokoši nesejo manj jajc, pojedo več in imajo več svobode gibanja, kar vpliva na notranji videz jajc. Bolj kot je rumenjak intenzivno oranžne barve, večja je verjetnost, da so jajca nesele kokoši, ki se prosto gibljejo.
Poleg tega so jajca proste reje nekoliko težja od tistih, ki jih kupimo v trgovinah, in imajo debelejšo lupino. To je koristno pri transportu, saj se jajca težje razbijejo.
