Vlak je zapeljal iz koprske smeri po že dokončanem delu proge drugega tira. Na odprtem delu trase je položen klasičen tir na gredi, v predoru Škofije pa trije kilometri tira na togi podlagi. Na trasi drugega tira od Divače do Kopra bo postavljenega 23,3 km tira na togi podlagi. Gre za sodobno obliko proge, ki jo uspešno uporabljajo po vsem svetu in je najbolj optimalna za gradnjo v predorih in premostitvenih objektih.
V predoru se vgrajuje sistem, ki bo zmanjšal hrup in vibracije vlakov
V predoru Škofije se je na določenih delih vgradil tudi masovno vzmetni sistem (MSS). Sistem se je na podlagi predhodne študije vgradil na območju Plavij in Dekanov. Masovno vzmetni sistemi so namenjeni zaščiti ljudi, ki živijo v bližini železniške proge, da bi nova infrastruktura čim manj vplivala na kakovost njihovega življenja.
MSS sistem deluje na principu plavajoče plošče, ki je ločena od toge podlage s pomočjo elastičnih elementov, kot so gumeni ležaji, poliuretanske podloge ter jeklene vzmeti. Ti elementi delujejo kot dušilci vibracij, saj absorbirajo tresljaje, ki nastajajo pri prehodu vlakov ter preprečujejo njihov prenos na konstrukcijo predora ali na okoliške stavbe. Poleg zmanjšanja tresljajev MSS sistem učinkovito znižuje tudi sekundarni hrup, ki se prenaša po zraku in vpliva na udobje prebivalcev v bližini proge.
